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在MiniAmp PCR實驗（通常指小規模或高通量PCR體系）中，常用的染料主要分為?核酸凝膠電泳染料?和?實時熒光定量PCR染料?兩大類，其選擇需兼顧靈敏度和安全性。以下是具體分類及特性：
一、核酸凝膠電泳染色染料（用于PCR產物檢測）
用于瓊脂糖凝膠電泳中DNA條帶的可視化：
1、SYBR系列（如SYBR Green I）
與雙鏈DNA特異性結合后熒光增強，靈敏度高；
需注意高濃度可能抑制PCR反應。
EvaGreen
飽和型染料，可在高濃度下使用而不抑制擴增，適合高精度定量和熔解曲線分析。
GoldView
低毒性替代EB的染料，激發后呈綠色熒光
溴化乙錠（EB）
經典染料，但具強致癌性，操作需嚴格防護，逐漸被淘汰。
二、實時熒光定量PCR染料（qPCR）
用于監測PCR擴增過程的熒光信號累積：
1、SYBR Green I
原理：嵌入DNA雙鏈小溝，熒光信號強度與產物量正相關；
優點：通用性強、成本低；
缺點：易受引物二聚體干擾，需熔解曲線驗證特異性。
2、TaqMan探針
原理：5'端熒光基團與3'端淬滅基團分離后發光，特異性高。
優勢：適用于SNP檢測及多重PCR，背景噪音低。
3、分子信標（Molecular Beacons）
莖環結構探針，靶序列結合后發熒光，適合突變檢測。
三、特殊場景染料
1、嵌合型染料（如Syto82、Syto9）對擴增抑制小，靈敏度高。
2、比色染料（如HNB）通過顏色變化判斷結果，無需儀器。
四、總結
1、泳檢測：推薦SYBR Safe或GoldView（安全性高）。
2、qPCR檢測：SYBR Green I（經濟通用）或EvaGreen（高穩定性）。
3、特殊應用：CF®染料適用于熒光標記探針合成。
